1.办公室。负责文电、信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻宣传、文字综合等工作；负责后勤管理工作；负责财务管理、资产管理工作；负责病死动物无害化处理场日常管理工作。

2.党群工作部（人力资源部）。负责党的组织建设、党风廉政建设、宣传教育、思想工作、意识形态、精神文明建设、统战等党务工作；负责纪检、监察工作；负责工会、共青团、妇联等群团工作；负责机构编制、人事管理和离退休干部等工作。

3.动物疫病防控部。负责重大动物疫病预警预报、流行病学调查和动物样品采集工作；组织实施动物疫病的预防、控制；参与重大动物疫病的扑灭和技术仲裁；负责动物疫病防治技术、免疫技术指导；负责国家规定强制免疫病种及其他动物疫病预防兽用生物制品的组织供应等工作；负责搜集动物疫病信息、技术查新；负责实验室质量体系和生物安全体系管理；负责专业人员培训考核与业务指导。

4.动物疫病检验部。负责实施动物疫病的监测、检测、实验室诊断；负责动物疫病的诊断定性；负责重大动物疫病免疫效果评估；负责实验室生物安全管理。

5.动物及动物产品检疫部。负责动物及其产品疫病检疫工作；负责出具动物检疫证明、标志等工作。负责狂犬病强制免疫方案制定；负责狂犬病疫苗供应和免疫工作的组织实施；负责犬猫的疫病检测；负责犬留置管理工作。

6.兽药饲料及畜产品检验部。负责兽药、饲料和饲料添加剂检验检测工作；负责畜禽产品有害物质残留检验检测工作，为拟定畜禽产品有害物质残留监控计划和应急预案提供科学依据。

7.水生动物疫病检验部。负责水生动物疫病疫情监测、预报和处置等工作。